Publikációk

Csoportunk új módszereket bemutató, a szoftverünket használó tanulmányok eredményeit ismertető és a bioinformatika területén aktuális témákat áttekintő cikkeket publikál. Görgessen lefelé vagy kattintson ide a laborunk által készített papírok teljes listájához. 2013 óta új bejegyzési cikkeket és áttekintő cikkeket összefoglaló blogbejegyzéseket írunk:

LaPierre, Nathan; Mangul, Serghei; Alser, Mohammed; Mandric, Igor Wu, Miklós C; Koslicki, David; Eskin, Eleazar

BMC Genomics, 20 (5. kiegészítés), pp. 423, 2019, ISSN: 1471-2164 .

Mangul, Serghei; Martin, Lana S; Eskin, Eleázár; Blekhman, Ran

Genome Biol, 20 (1), pp. 47, 2019, ISSN: 1474-760X .

Duong, Dat; Ahmad, Wasi Uddin; Eskin, Eleázár; Chang, Kai-Wei W; Li, Jingyi Jessica

J Comput Biol, 26 (1), pp. 38-52, 2019, ISSN: 1557-8666 .

Mangul, Serghei; Martin, Lana S; Langmead, Ben; Sanchez-Galan, Javier E; Thomas, Ian; Hormozdiari, Fereydoun; Pevzner, Pavel; Eskin, Eleazar

Nat Biotechnol, 37 (3), pp. 2019, 324-326, ISSN: 1546-1696 .

Mangul, Serghei; Martin, Lana S; Hill, Brian L; Lam, Angela Ka-Mei; Distler, Margaret G; Zelikovsky, Alex Eskin, Eleázár; Flint, Jonathan

Nat Commun, 10. (1), pp. 1393, 2019, ISSN: 2041-1723 .

Mangul, Serghei; Mosqueiro, Thiago; Abdill, Richard J; Duong, Dat; Mitchell, Keith; Sarwal, Varuni; Hill, Brian; Brito, Jaqueline; Littman, Russell Jared; Statz, Benjamin; Lam, Angela Ka-Mei; Dayama, Gargi; Grieneisen, Laura; Martin, Lana S; Flint, Jonathan; Eskin, Eleázár; Blekhman, Ran

PLoS Biol, 17 (6), pp. e3000333, 2019, ISSN: 1545-7885 .

Gai, Lisa; Eskin, Eleazar

Bioinformatika, 34 (13), pp. i467-i474, 2018, ISSN: 1367-4811 .

Hormozdiari, I. Farhad; Jung, Junghyun; Eskin, Eleázár; Joo, Jong Wha J

bioRxiv, pp. 498360, 2018 .

Kennedy, Elizabeth M; Goehring, N György; Nichols, Michael H; Robins, Chloe; Mehta, Divya; Klengel, Torsten; Eskin, Eleázár; Smith, Alicia K; Conneely, Karen N

BMC Genomics, 19. (1), pp. 476, 2018, ISSN: 1471-2164 .

13udotk gének annak feltárására, hogy a DNS-metiláció hogyan hat kölcsönhatásba a génexpresszióval az egész genomban. EREDMÉNYEK: Lineáris vegyes modell keretet alkalmaztunk a DNS metilációjának korrelációjának felmérésére

400udotk CpG gén expresszióval változik a

13udotk-átirat két független adatkészletben emberi vérsejtekből. Azok a CpG-k, amelyeknél a metiláció jelentősen társul a transzkripcióval (eCpG-k),> 50% -a disztális (> 50udotkb) vagy transz (különböző kromoszóma) van a korrelált génhez képest. Számos eCpG-transzkript pár konzisztens a vizsgálatok és

A szomszédos eCpG-k 90% -a ugyanahhoz a génhez kapcsolódik a vizsgálatok során. Megállapítottuk, hogy a fokozók (P 50% disztális (> 50udotkb) vagy transz (különböző kromoszómák) vannak a korrelált génhez képest. Sok eCpG-transzkript pár következetes a vizsgálatok és

A szomszédos eCpG-k 90% -a ugyanahhoz a génhez kapcsolódik a vizsgálatok során. Megállapítottuk, hogy fokozók (P folyóiratcikk

Genetika, 2018, ISSN: 1943-2631 .

Mangul, Serghei; Yang, Harry Taegyun; Strauli, Nicolas; Gruhl, Franziska; Porath, Hagit T; Hsieh, Kevin; Chen, Linus; Daley, Timothy; Christenson, Stephanie; Wesolowska-Andersen, Agata; Spreafico, Roberto; Rios, Cydney; Eng, Celeste; Smith, Andrew D; Hernandez, Ryan D; Ophoff, Roel A; Santana, Jose Rodriguez; Levanon, Erez Y; Woodruff, Prescott G; Burchard, Esteban; Seibold, Max A; Shifman, Sagiv; Eskin, Eleázár; Zaitlen, Noah

Genome Biol, 19 (1), pp. 2018, 36, ISSN: 1474-760X .

Rahmani, Elior; Schweiger, Regev; Shenhav, Liat; Wingert, Theodora; Hofer, Ira; Gabel, Eilon; Eskin, Eleázár; Halperin, Eran

Genome Biol, 19 (1), pp. 141, 2018, ISSN: 1474-760X .

Wu, Yue; Hormozdiari, Farhad; Joo, Jong Wha J; Eskin, Eleazar

J Comput Biol, 2018, ISSN: 1557-8666 .

Mangul, Serghei; Martin, Lana S; Eskin, Eleazar

Nat Biotechnol, 36 (4), pp. 369-371, 2018, ISSN: 1546-1696 .

Gamazon, Eric R; Segrè, Ayellet V; van de Bunt, Martijn; Wen, Xiaoquan; Xi, Hualin S; Hormozdiari, Farhad; Ongen, Halit; Konkashbaev, Anuar; Derks, Eske M; Aguet, François; Quan, Jie; Nicolae, Dan L; Eskin, Eleázár; Kellis, Manolis; Getz, Gad; McCarthy, I. Márk; Dermitzakis, Emmanouil T; Cox, Nancy J; Ardlie, Kristin G

Nat Genet, 50 (7), pp. 956–967, 2018, ISSN: 1546–1718 .

Hormozdiari, Farhad; Gazal, Steven; van de Geijn, Bryce; Finucane, Hilary K; Ju, Chelsea J-T; Loh, Po-Ru R; Schoech, Armin; Reshef, Yakir; Liu, Xuanyao; O'Connor, Luke; Gusev, Sándor; Eskin, Eleázár; Ár, Alkes L

Nat Genet, 50 (7), pp. 1041-1047, 2018, ISSN: 1546-1718 .

Sul, Jae Hoon; Martin, Lana S; Eskin, Eleazar

PLoS Genet, 14 (12), pp. e1007309, 2018, ISSN: 1553-7404 .

Loohuis, Loes Olde M; Mangul, Serghei; Ori, Anil PS; Jospin, Guillaume; Koslicki, David; Yang, Harry Taegyun; Wu, Timothy; Boksz, Marco P; Lomen-Hoerth, Catherine; Wiedau-Pazos, Martina; Kántor, Rita M; de Vos, Willem M; Kahn, René S; Eskin, Eleázár; Ophoff, Roel A

Transl Psychiatry, 8. cikk (1), pp. 96, 2018, ISSN: 2158-3188 .

Robert Brown Gleb Kichaev, Nicholas Mancuso James Boocock; Pasaniuc, Bogdan

Bioinformatika, pp. btx142, 2017 .

Ritchie, Marylyn D; Davis, Joe R; Aschard, Hugues; Csata, Alexis; Conti, Dávid; Du, Mengmeng; Eskin, Eleázár; Fallin, Daniele M; Hsu, Li; Kraft, Péter; Moore, Jason H; Pierce, Brandon L; Bien, Stephanie A; Thomas, Duncan C; Wei, Peng; Montgomery, Stephen B.

Am J Epidemiol, 186 (7), pp. 771-777, 2017, ISSN: 1476-6256 .

Hormozdiari, Farhad; Zhu, Anthony; Kichaev, Gleb; Ju, Chelsea J-T; Segrè, Ayellet V; Joo, Jong Wha J; Megnyerte, Hyejung; Sankararaman, Sriram; Pasaniuc, Bogdan Shifman, Sagiv; Eskin, Eleazar

Am J Hum Genet, 100 (5), pp. 789-802, 2017, ISSN: 1537-6605 .

Duong, Dat; Gai, Lisa; Snir, Sagi; Kang, Eun Yong; Han, Buhm; Sul, Jae Hoon; Eskin, Eleazar

Bioinformatika, 33 (14), pp. i67-i74, 2017, ISSN: 1367-4811 .

Lee, CH; Eskin, E.; Han, B.

Bioinformatika, 33 (14), pp. i379-i388, 2017, ISSN: 1367-4811 .

Lozano, Jose A; Hormozdiari, Farhad; Joo, Jong Wha; Han, Buhm; Eskin, Eleazar

bioRxiv, pp. 208199, 2017 .

Park, Danny S; Eskin, Itamar; Kang, Eun Yong; Gamazon, Eric R; Eng, Celeste; Gignoux, Christopher R; Galanter, Joshua M; Burchard, Esteban; Ti, Csun J; Aschard, Hugues; Eskin, Eleázár; Halperin, Eran; Zaitlen, Noah

Genet Epidemiol, 2017, ISSN: 1098-2272 .

Genetika, 205 (3), pp. 1041-1047, 2017, ISSN: 1943-2631 .

Mangul, Serghei; Yang, Harry Taegyun; Hormozdiari, Farhad; Dainis, Alex; Tseng, Erzsébet; Ashley, Euan A; Zelikovsky, Alex Eskin, Eleazar

IEEE Trans Nanobioscience, 16 (2), pp. 108-115, 2017, ISSN: 1558-2639 .

Ő, Dan; Wang, Zhanyong; Parida, Laxmi; Eskin, Eleazar

IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform, 2017, ISSN: 1557-9964 .

Buckley, Matthew T; Racimo, Fernando; Allentoft, Morten E; Jensen, Majken K; Jonsson, Anna; Huang, Hongyan; Hormozdiari, Farhad; Sikora, Martin; Marnetto, David; Eskin, Eleázár; Jørgensen, Marit E; Grarup, Niels; Pedersen, Oluf; Hansen, Torben; Kraft, Péter; Willerslev, Eske; Nielsen, Rasmus

Mol Biol Evol, 2017, ISSN: 1537-1719 .

Jasinska, Anna J.; Zelaya, Ivette; Szolgálat, Susan K; Peterson, Christine B; Kántor, Rita M; Choi, Oi-Wa W; DeYoung, Joseph; Eskin, Eleázár; Fairbanks, Lynn A; Félelmek, Scott; Furterer, Allison E; Huang, Yu S; Ramensky, Vaszilij; Schmitt, Christopher A; Svardal, Hannes; Jorgensen, Matthew J; Kaplan, Jay R; Villar, Diego; Aken, Bronwen L; Flicek, Pál; Nag, Rishi; Wong, Emily S; Blangero, John; Dyer, Thomas D; Bogomolov, Marina Benjamini, Yoav; Weinstock, George M; Dewar, Ken; Sabatti, Chiara; Wilson, Richard K; Jentsch, David J; Warren, Wesley; Coppola, Giovanni; Woods, Roger P; Freimer, Nelson B.

Nat Genet, 49 (12), pp. 1714-1721, 2017, ISSN: 1546-1718 .

Rahmani, Elior; Zaitlen, Noé; Baran, Yael; Eng, Celeste; Hu, Donglei; Galanter, Joshua; Ó, Sam; Burchard, Esteban G; Eskin, Eleázár; Zou, James; Halperin, Eran

Nat Methods, 14 (3), pp. 218-219, 2017, ISSN: 1548-7105 .

Crawford, Nicholas G; Kelly, Derek E; Hansen, Matthew E B; Beltrame, Marcia H; Fan, Shaohua; Bowman, Shanna L; Jewett, Ethan; Ranciaro, Alessia; Thompson, Simon; Lo, Yancy; Pfeifer, Susanne P; Jensen, Jeffrey D; Campbell, Michael C; Beggs, William; Hormozdiari, Farhad; Mpoloka, Sununguko Wata; Mokone, Gaonyadiwe George; Nyambo, Thomas; Meskel, Dawit Wolde; Belay, Gurja; Haut, Jake; Rothschild, Harriet; Zon, Leonard; Zhou, Yi; Kovács, Michael A; Xu, Mai; Zhang, Tongwu; Püspök, Kevin; Sinclair, Jason; Rivas, Cecilia; Elliot, Eugene; Choi, Jiyeon; Li, Shengchao A; Hicks, Belynda; Burgess, Shawn; Abnet, keresztény; Watkins-Chow, E hajnal; Oceana, Elena; Song, Yun S; Eskin, Eleázár; Brown, Kevin M; Marks, Michael S; Loftus, Stacie K; Pavan, William J.; Igen, Meredith; Chanock, István; Tishkoff, Sarah A.

Science, 358 (6365), 2017, ISSN: 1095-9203 .

Mangul, Serghei; Martin, Lana S; Hoffmann, Sándor; Pellegrini, Matteo; Eskin, Eleazar

Trends Biotechnol, 2017, ISSN: 1879-3096 .

Mangul, Serghei; Loohuis, Loes Olde M; Ori, Anil; Jospin, Guillaume; Koslicki, David; Yang, Harry Taegyun; Wu, Timothy; Boksz, Marco P; Lomen-Hoerth, Catherine; Wiedau-Pazos, Martina; Kántor, Rita; de Vos, Willem M; Kahn, Rene S; Eskin, Eleázár; Ophoff, Roel A

BioRxiv, (057570), 2016 .

Mangul, Serghei; Yang, Harry Taegyun; Strauli, Nicolas; Gruhl, Franziska; Daley, Timothy; Christenson, Stephanie; Andersen, Agata Wesolowska; Spreafico, Roberto; Rios, Cydney; Eng, Celeste; Smith, Andrew D; Hernandez, Ryan D; Ophoff, Roel A; Santana, Jose Rodriguez; Woodruff, Prescott G; Burchard, Esteban; Seibold, Max A; Shifman, Sagiv; Eskin, Eleázár; Zaitlen, Noah

Han, Buhm; Duong, Dat; Sul, Jae Hoon; de Bakker, Paul I W; Eskin, Eleázár; Raychaudhuri, Soumya

Hum Mol Genet, 2016, ISSN: 1460-2083 .

Sul, Jae Hoon; Bilow, Michael; Yang, Wen-Yun Y; Kostem, Emrah; Furlotte, Nick; Ő, Dan; Eskin, Eleazar

PLoS Genet, 12. cikk (3), pp. e1005849, 2016, ISSN: 1553-7404 .

Joo, Jong Wha J; Hormozdiari, Farhad; Han, Buhm; Eskin, Eleazar

Genome Biol, 17 (1), pp. 62, 2016, ISSN: 1474-760X .

Lucy, Aldons J; Seldin, Marcus; Allayee, Hooman; Bennett, Brian J; Civelek, Mete; Davis, Richard C; Eskin, Eleázár; Farber, Charles; Hui, Simon T; Mehrabian, Margarete; Norheim, Frode; Pan, Calvin; Parkok, Brian; Rau, Christoph; Smith, Desmond J; Vallim, Thomas; Wang, Yibin; Wang, Jessica

J Lipid Res, 2016, ISSN: 1539-7262 .

Mangul, Serghei; Yang, Harry; Hormozdiari, Farhad; Tseng, Erzsébet; Zelikovsky, Alex Eskin, Eleazar

Bioinformatikai kutatások és alkalmazások, pp. 80-92, Springer International Publishing, 2016 .

Hormozdiari, Farhad; Kang, Eun Yong; Bilow, Michael; Ben-Dávid, Eyal; Vulpe, Chris; McLachlan, Stela; Lucy, Aldons J; Han, Buhm; Eskin, Eleazar

Am J Hum Genet, 99 (1), pp. 89-103, 2016, ISSN: 1537-6605 .

Duong, Dat; Zou, Jennifer; Hormozdiari, Farhad; Sul, Jae Hoon; Ernst, Jason; Han, Buhm; Eskin, Eleazar

Bioinformatika, 32 (12), pp. i156-i163, 2016, ISSN: 1367-4811 .

Kang, Eun Yong; Park, Yurang; Li, Xiao; Segrè, Ayellet V; Han, Buhm; Eskin, Eleazar

G3 (Bethesda), 6 (7), pp. 1793-8, 2016, ISSN: 2160-1836 .

Megnyerte, Hyejung; de la Torre-Ubieta, Luis; Stein, Jason L; Parikshak, Neelroop N; Huang, Jerry; Opland, Carly K; Gandal, Michael J; Sutton, Gavin J; Hormozdiari, Farhad; Lu, Daning; Lee, Changhoon; Eskin, Eleázár; Voineagu, Irina; Ernst, Jason; Geschwind, Daniel H

Nature, 538 (7626), pp. 523–527, 2016, ISSN: 1476–4687 .

Kang, Eun Yong; Martin, Lisa; Mangul, Serghei; Isvilanonda, Warin; Zou, Jennifer; Ben-Dávid, Eyal; Han, Buhm; Lucy, Aldons J; Shifman, Sagiv; Eskin, Eleazar

Genetika, 2016, ISSN: 1943-2631 .

Artjomenko, Alekszandr; Wu, Miklós C; Mangul, Serghei; Eskin, Eleázár; Sun, Ren; Zelikovsky, Alex

Kutatás a számítási molekuláris biológiában, pp. 164-175, Springer International Publishing, 2016 .

Hormozdiari, Farhad; van de Bunt, Martijn; Segrè, Ayellet V; Li, Xiao; Joo, Jong Wha J; Bilow, Michael; Sul, Jae Hoon; Sankararaman, Sriram; Pasaniuc, Bogdan Eskin, Eleazar

Am J Hum Genet, 2016, ISSN: 1537-6605 .

Joo, Jong Wha J; Kang, Eun Yong; Org, Elin; Furlotte, Nick; Parkok, Brian; Hormozdiari, Farhad; Lucy, Aldons J; Eskin, Eleazar

Genetika, 204 (4), pp. 1379-1390, 2016, ISSN: 1943-2631 .

Nature, 538 (7626), pp. 523-527, 2016, ISSN: 1476-4687 .

Artjomenko, Alekszandr; Wu, Miklós C; Mangul, Serghei; Eskin, Eleázár; Sun, Ren; Zelikovsky, Alex

Kutatás a számítási molekuláris biológiában, pp. 164-175, Springer International Publishing, 2016 .