Todd Michael

Növényi Molekuláris és Sejtbiológiai Laboratórium

publikációk

Salk Biológiai Tanulmányok Intézete - Publikációk

összes kiadvány

Liu, J., Seetharam, AS, Chougule, K., Ou, S., Swentowsky, KW, Gent, JI, Llaca, V., Woodhouse, MR, Manchanda, N., Presting, GG, Kudrna, DA, Alabady, M., Hirsch, CN, Fengler, KA, Ware, D., Michael, TP Huffford, M. B., Dawe, R. K. A kukorica kromoszómáinak rés nélküli összeállítása sokáig olvasható technológiák alkalmazásával (2020) Genombiológia. 21 (1): 121. DOI: 10.1186/s13059-020-02029-9

Michael, T.P., VanBuren, R. Közel teljes növényi genomok építése. (2020) Jelenlegi vélemény a növénybiológiában. 54: 26-33. DOI: 10.1016/j.pbi.2019.12.009

Poplawski, SG, Garbett, KA, McMahan, RL, Kordasiewicz, HB, Zhao, H., Kennedy, AJ, Goleva, SB, Sanders, TH, Motley, ST, Swayze, EE, Ecker, DJ, Sweatt, JD, Michael, TP Greer, C.B. Az antiszensz oligonukleotid elnyomja a Hdac2 transzkripcióját és a hosszú távú memóriajavítást. (2020) Mol Ther nukleinsavak. 19: 1399-1412. DOI: 10.1016/j.omtn.2020.01.027

MacKinnon, K. J., Cole, B. J., Yu, C., Coomey, J. H., Hartwick, N. T., Remigereau, M. S., Duffy, T., Michael, T. P., Kay, S.A., Hazen, S.P. A környezeti hőmérséklet változása az uralkodó jel a Brachypodium distachyon napi génszabályozásának meghatározásában. (2020) Új Phytol. DOI: 10.1111/nph.16507

VanBuren, R., Man Wai, C., Wang, X., Pardo, J., Yocca, AE, Wang, H., Chaluvadi, SR, Han, G., Bryant, D., Edger, PP, Messing, J., Sorrells, ME, Mockler, TC, Bennetzen, JL, Michael, TP Kivételes szubgenomstabilitás és funkcionális divergencia az allotetraploid etiópiai gabona teffben. (2020) Nature Communications. 11 (1): 884. DOI: 10.1038/s41467-020-14724-z

1,1 millió évvel ezelőtt (mya), és hogy a két szubgenom eltér egymástól

5,0 mya. E divergencia ellenére nem észlelünk nagyszabású strukturális átrendeződéseket, homológ cseréket vagy elfogult génvesztést, ellentétben sok más allopolyploiddal. A két teff-szubgenom a divergens kifejezés alapján felosztotta ősi funkcióit egy változatos expressziós atlaszban. Ezek a genomi erőforrások együttesen hasznosak lesznek a kihasználatlan szemtermés szaporodásának felgyorsításához és a poliploid genom evolúciójának alapvető megismeréséhez.

Silva, S. R., Moraes, A. P., Penha, H. A., Julião, M. H. M., Domingues, D. S., Michael, T. P. Miranda, V.F.O., Varani, A.M. A földi húsevő növény fényt derít a környezeti és az életforma genomplaszticitásra. (2019) International Journal of Molecular Sciences. 21. (1) bekezdése. DOI: 10.3390/ijms21010003

Silva, S. R., Pinheiro, D. G., Penha, H. A., Płachno, B. J., Michael, T. P., Meer, E. J., Miranda, V. F. O., Varani, A. M. Intraspecifikus variáció a fajok morfotípusain belül a kloroplaszt genomok alapján. (2019) International Journal of Molecular Sciences. 20 (24). DOI: 10.3390/ijms20246130

Chekan, J. R., McKinnie, S. M. K., Moore, M. L., Poplawski, S. G., Michael, T. P., Moore, B.S. A hínár neurokémiai, káinsav skálázható bioszintézise. (2019) Alkalmazott kémia. 58 (25): 8454-8457. DOI: 10.1002/anie.201902910

Wai, C. M., Weise, S. E., Ozersky, P., Mockler, T. C., Michael, T. P., VanBuren, R. A napszak és a hálózat újraprogramozása aszály idején indukálta a CAM fotoszintézist a Sedum albumban. (2019) PLOS genetika. 15 (6): e1008209. DOI: 10.1371/journal.pgen.1008209

Jupe, F., Rivkin, A. C., Michael, T. P. Zander, M., Motley, S. T., Sandoval, J. P., Slotkin, R. K., Chen, H., Castanon, R., Nery, J. R., Ecker, J. R. A növényi T-DNS-inszerciók bonyolult felépítése és epigenomikus hatása. (2019) PLOS genetika. 15 (1): e1007819. DOI: 10.1371/journal.pgen.1007819

Chu, P., Wilson, G. M., Michael, T. P., Vaiciunas, J., Honig, J., Lam, E. A növény klónok és fajok genotipizálásának szekvencia-vezérelt megközelítése polimorf NB-ARC-vel kapcsolatos gének alkalmazásával. (2018) Növényi molekuláris biológia. 98 (3): 219-231. DOI: 10.1007/s11103-018-0774-1

Michael, T.P., Jupe, F., Bemm, F., Motley, S. T., Sandoval, J. P., Lanz, C., Loudet, O., Weigel, D., Ecker, J. R. Magas kontinuitású Arabidopsis thaliana genom-összeállítás egyetlen nanorészecskés áramlási cellával. (2018) Nature Communications. 9 (1): 541. DOI: 10.1038/s41467-018-03016-2

Minich, J. J., Morris, M. M., Brown, M., Doane, M., Edwards, M. S., Michael, T. P., Dinsdale, E.A. A megemelkedett hőmérséklet a moszat mikrobiom diszbiózist idézi elő, míg az emelkedett szén-dioxid a víz mikrobiómájának megzavarását idézi elő. (2018) PLOS One. 13 (2): e0192772. DOI: 10.1371/journal.pone.0192772

VanBuren, R., Wai, C. M., Ou, S., Pardo, J., Bryant, D., Jiang, N., Mockler, T. C., Edger, P., Michael, T. P. Rendkívüli haplotípus-variáció a kiszáradást toleráns klubmohában, a Selaginella lepidophylla-ban. (2018) Nature Communications. 9. (1): 13. DOI: 10.1038/s41467-017-02546-5

VanBuren, R., Wai, C. M., Zhang, Q., Song, X., Edger, P. P., Bryant, D., Michael, T. P., Mockler, T. C., Bartels, D. A magszárító mechanizmusok együtt választották a vegetatív szárítást a feltámadó fűben Oropetium thomaeum. (2017) Növény, sejt és környezet. 40 (10): 2292-2306. DOI: 10.1111/pce.13027

Michael, T.P., Bryant, D., Gutierrez, R., Borisjuk, N., Chu, P., Zhang, H., Xia, J., Zhou, J., Peng, H., El Baidouri, M., Ten Hallers, B., Hastie, AR, Liang, T., Acosta, K., Gilbert, S., McEntee, C., Jackson, SA, Mockler, TC, Zhang, W., Lam, E. A genom jellemzőinek átfogó meghatározása Spirodela polyrhiza nagy mélységű fizikai térképezéssel és rövid leolvasású DNS-szekvenálási stratégiákkal. (2017) Plant Journal. 89 (3): 617-635. DOI: 10.1111/tpj.13400

Kennedy, AJ, Rahn, EJ, Paulukaitis, BS, Savell, KE, Kordasiewicz, HB, Wang, J., Lewis, JW, Posey, J., Strange, SK, Guzman-Karlsson, MC, Phillips, SE, Decker, K., Motley, ST, Swayze, EE, Ecker, DJ, Michael, TP, Day, J. J., Sweatt, J. D. A Tcf4 szabályozza a szinaptikus plaszticitást, a DNS-metilezést és a memória funkciót. (2016) Cella jelentések. 16 (10): 2666-2685. DOI: 10.1016/j.celrep.2016.08.004

VanBuren, R., Bryant, D., Bushakra, J. M., Vining, K. J., Edger, P. P., Rowley, E. R., Priest, H. D., Michael, T. P., Lyons, E., Filichkin, S. A., Dossett, M., Finn, C. E., Bassil, N. V., Mockler, T. C. A fekete málna (Rubus occidentalis) genomja. (2016) Plant Journal. 87 (6): 535-47. DOI: 10.1111/tpj.13215

VanBuren, R., Bryant, D., Edger, PP, Tang, H., Burgess, D., Challabathula, D., Spittle, K., Hall, R., Gu, J., Lyons, E., Freeling, M., Bartels, D., Ten Hallers, B., Hastie, A., Michael, TP, Mockler, T.C. A szárítást toleráns Oropetium thomaeum fű egymolekulás szekvenálása. (2015) Természet. 527 (7579): 508-11. DOI: 10.1038/nature15714

Michael, T.P., VanBuren, R. Haladás, kihívások és a növényi genomok jövője. (2015) Jelenlegi vélemény a növénybiológiában. 24: 71-81. DOI: 10.1016/j.pbi.2015.02.002

Michael, T.P. A növényi genom méretének változása: puffadás és DNS-tisztítás. (2014) Tájékoztatók a funkcionális genomikában. 13 (4): 308-17. DOI: 10,1093/bfgp/elu005

Ibarra-Laclette, E., Lyons, E., Hernández-Guzmán, G., Pérez-Torres, Kalifornia, Carretero-Paulet, L., Chang, TH, Lan, T., Welch, AJ, Juárez, MJ, Simpson, J., Fernández-Cortés, A., Arteaga-Vázquez, M., Góngora-Castillo, E., Acevedo-Hernández, G., Schuster, SC, Himmelbauer, H., Minoche, AE, Xu, S., Lynch, M., Oropeza-Aburto, A., Cervantes-Pérez, SA, de Jesús Ortega-Estrada, M., Cervantes-Luevano, JI, Michael, TP, Mockler, T., Bryant, D., Herrera-Estrella, A., Albert, V. A., Herrera-Estrella, L. Egy percnyi növényi genom építészete és evolúciója. (2013) Természet. 498 (7452): 94-8. DOI: 10.1038/természet12132

Ming, R., VanBuren, R., Liu, Y., Yang, M., Han, Y., Li, LT, Zhang, Q., Kim, MJ, Schatz, MC, Campbell, M., Li, J ., Bowers, JE, Tang, H., Lyons, E., Ferguson, AA, Narzisi, G., Nelson, DR, Blaby-Haas, CE, Gschwend, AR, Jiao, Y., Der, JP, Zeng, F., Han, J., Min, XJ, Hudson, KA, Singh, R., Grennan, AK, Karpowicz, SJ, Watling, JR, Ito, K., Robinson, SA, Hudson, ME, Yu, Q., Mockler, TC, Carroll, A., Zheng, Y., Sunkar, R., Jia, R., Chen, N., Arro, J., Wai, CM, Wafula, E., Spence, A., Han, Y., Xu, L., Zhang, J., Peery, R., Haus, MJ, Xiong, W., Walsh, JA, Wu, J., Wang, ML, Zhu, YJ, Paull, RE, Britt, AB, Du, C., Downie, SR, Schuler, MA, Michael, TP, Long, SP, Ort, DR, Schopf, JW, Gang, DR, Jiang, N., Yandell, M., dePamphilis, CW, Merchant, SS, Paterson, AH, Buchanan, BB, Li, S., Shen- Miller, J. A hosszú életű szent lótusz (Nelumbo nucifera Gaertn.) Genomja. (2013) Genombiológia. 14. (5): R41. DOI: 10.1186/gb-2013-14-5-r41

Michael, T.P., Alba, R. A paradicsom genomja húsossá vált. (2012) Természet Biotechnológia. 30 (8): 765-7. DOI: 10.1038/nbt. 2319

Filichkin, S. A., Breton, G., pap, H. D., Dharmawardhana, P., Jaiswal, P., Fox, S. E., Michael, T. P., Chory, J., Kay, S.A., Mockler, T.C. A rizs és a nyár transzkriptóm globális profilozása kiemeli a legfontosabb konzervált cirkadián által ellenőrzött útvonalakat és a cisz-szabályozó modulokat. (2011) PLOS One. 6 (6): e16907. DOI: 10.1371/journal.pone.0016907

Banks, JA, Nishiyama, T., Hasebe, M., Bowman, JL, Gribskov, M., dePamphilis, C., Albert, VA, Aono, N., Aoyama, T., Ambrose, BA, Ashton, NW, Axtell, MJ, Barker, E., Barker, MS, Bennetzen, JL, Bonawitz, ND, Chapple, C., Cheng, C., Correa, LG, Dacre, M., DeBarry, J., Dreyer, I., Elias, M., Engstrom, EM, Estelle, M., Feng, L., Finet, C., Floyd, SK, Frommer, WB, Fujita, T., Gramzow, L., Gutensohn, M., Harholt, J Hattori, M., Heyl, A., Hirai, T., Hiwatashi, Y., Ishikawa, M., Iwata, M., Karol, KG, Koehler, B., Kolukisaoglu, U., Kubo, M. ., Kurata, T., Lalonde, S., Li, K., Li, Y., Litt, A., Lyons, E., Manning, G., Maruyama, T., Michael, TP Mikami, K., Miyazaki, S., Morinaga, S., Murata, T., Mueller-Roeber, B., Nelson, DR, Obara, M., Oguri, Y., Olmstead, RG, Onodera, N. Petersen, BL, Pils, B., Prigge, M., Rensing, SA, Riaño-Pachón, DM, Roberts, AW, Sato, Y., Scheller, HV, Schulz, B., Schulz, C., Shakirov, EV, Shibagaki, N., Shinohara, N., Shippen, DE, Sørensen, I., Sotooka, R., Sugimoto, N., Sugita, M., Sumikawa, N., Tanurdzic, M., Theissen, G., Ulvskov, P., Wakazuki, S., Weng, JK, Willats, WW, Wipf, D., Wolf, PG, Yang, L., Zimmer, AD, Zhu, Q., Mitros, T., Hellsten, U ., Loqué, D., Otillar, R., Salamov, A., Schmutz, J., Shapiro, H., Lindquist, E., Lucas, S., Rokhsar, D., Grigoriev, IV A Selaginella genom azonosítja az érnövények evolúciójával kapcsolatos genetikai változásokat. (2011) Tudomány. 332 (6032): 960-3. DOI: 10.1126/science.1203810

410 millió évvel ezelőtt, akkor több nemzetségre oszlott, amelyek közül csak kettő maradt fenn: az eufilofiták (páfrányok és magnövények) és a likofiták. Itt közöljük a Selaginella moellendorffii (Selaginella) likofita, az első nem mag vaszkuláris növényi genom genomszekvenciáját. Az evolúciós szempontból változatos taxonok géntartalmának összehasonlításával megállapítottuk, hogy a gametofitákról a sporophyták által uralt életciklusra való áttéréshez sokkal kevesebb új génre volt szükség, mint a nem mag vaszkulárisból a virágos növényre való áttéréshez, míg a másodlagos metabolikus gének kiterjedten párhuzamos a likofita és az angiospermium vonalakban. A Selaginella különbözik a poszttranszkripciós génszabályozásban, beleértve az ismétlődő elemek kicsi RNS-szabályozását, a transz-működésű kis interferáló RNS-út hiányát és az organelláris gének kiterjedt RNS-szerkesztését.